All’inizio del Seicento le Clarisse del monastero di Santa Maria Donnaregina decisero di costruire una nuova chiesa barocca, più consona al gusto del tempo, annettendo l’antica chiesa gotica alla zona della clausura. I lavori per la costruzione del nuovo edificio sacro, detto per tale motivo di Santa Maria Donnaregina Nuova, iniziarono nel 1617 con la partecipazione dei più prestigiosi artisti del momento.

La realizzazione fu di tale magnificenza che, ancora oggi, salendo la maestosa scala di piperno si può ammirare l’esuberante navata della chiesa, rivestita di marmi policromi e la volta interamente affrescata con la Gloria della Vergine; un affresco del giovane Francesco Solimena che rappresenta il Miracolo delle rose di San Francesco, sopra il presbiterio, e accanto all’altare maggiore le ultime tele del pittore barocco Luca Giordano.Nel 1861 il monastero fu soppresso e le suore trasferite in altre sedi e il complesso destinato a vari usi. Allo stesso tempo l’apertura di via Duomo provocò manomissioni al chiostro e al convento.

Tra il 1928 e il ’34 il soprintendente Gino Chierici, con un grande sforzo ingegneristico, separò le due chiese, spostando la parete del coro nuovo di 6 metri su binari da treno, e ricostruendo la parte mancante dell’abside trecentesca e riportando nella chiesa di origine il monumento di Maria d’Ungheria fatto spostare a suo tempo dalla badessa Eleonora Gonzaga.